突破传统局限！Stereo-seq FFPE，挖掘 FFPE 临床样本的微生物互作宝藏

实验室里堆满FFPE样本，却无从下手？

FFPE（福尔马林固定石蜡包埋）是临床病理领域最主流的样本保存形式，全球超过90%的临床组织样本都以FFPE形式存档。从肿瘤微环境到感染性疾病，从慢性炎症到自身免疫病，这些石蜡块中封存着巨量的组织学信息，是疾病机制研究和临床转化的战略资源。

一、FFPE样本：一座被锁住的"数据金矿"

长期以来，FFPE样本的分子研究面临两大“紧箍咒”：

RNA严重受损：福尔马林固定导致RNA降解和分子交联，转录组信息回收效率极低；

检测视角单一：传统技术只能检测宿主基因，无法同步捕获微生物信息；更致命的是，必须预先知道病原体序列才能设计特异性探针，对未知病原体完全“失明”。

这意味着，大量珍贵的临床FFPE样本，其微生物互作信息从未被真正挖掘过。

现在，这个僵局被打破了。

二、随机引物策略：一把钥匙，同时打开宿主和微生物两把锁

Stereo-seq FFPE技术的核心突破，在于彻底抛弃了传统的poly(T)引物策略，改用随机引物捕获。

传统poly(T)引物只能结合带poly(A)尾的mRNA，不仅漏检lncRNA、snoRNA等非编码RNA，更无法捕获原核生物（如细菌）的RNA。

而Stereo-seq FFPE的随机引物策略，能够：

1. 无偏捕获全转录组：

mRNA、lncRNA、snoRNA等一网打尽，检出基因数量大幅提升；

2. 实现基因全长均匀覆盖：

不再局限于3' 端，信息完整性显著增强；

3. 打破"宿主/微生物二选一"的困局：

一张芯片，同时读取两个世界的信号。

三、一芯双检：原位同步解析宿主与微生物的“空间对话”

依托随机引物的无偏捕获能力，Stereo-seq FFPE可以在单张芯片上同步获取宿主基因与微生物RNA的空间转录组数据，无需预先知晓病原体种类，真正实现了：

宿主反应 + 病原体分布 + 空间位置 = 三位一体的原位共解析

四、Cell顶刊双案例：从动物模型到临床样本的完整证据链

文章信息

英文标题：Stereo-seq V2: Spatial mapping of total RNA on FFPE sections with high resolution

发表时间：2025年8月28日

发表期刊：Cell

影响因子：42.5

DOI：10.1016/j.cell.2025.08.008

案例一：结核杆菌感染小鼠肺脏模型

样本：Mtb感染小鼠肺组织 FFPE切片

目标：动态监测宿主-病原体互作

核心发现

• 精准绘制了结核杆菌在肺部随时间扩散的动态空间分布，明确了病原体在组织中的定植区域。

• 发现了与Mtb空间分布直接相关的免疫应答模块，清晰构建出病原体与宿主免疫反应的空间关联图谱。

• 实现了感染过程中宿主与病原体基因表达变化的同步动态监测，为理解感染机制提供了时空维度的全新视角。

案例二：人类结核肺组织样本

样本：人类结核患者肺组织FFPE切片

目标：原位解析免疫细胞应答机制

核心发现：

• 识别出多患者共享的Mtb特异性BCR克隆，为结核疫苗研发提供了精准靶标，为抗体药物设计提供机制参考。

• 首次在空间原位发现感染灶周围聚集着一群针对结核杆菌的特异性B细胞克隆。

• 发现这些B细胞靠近感染区时会不断发生基因突变、逐步成熟，在原位完整记录了免疫细胞应答的动态过程。

一句话总结：Stereo-seq FFPE不仅“看见”了免疫，还“读”懂了免疫在感染现场如何学习、进化、战斗。

五、四大应用前景：从基础研究到临床转化的跃迁

感染性疾病精准诊疗：无需提前知晓病原体种类，直接在组织原位定位疑难感染病原体，同步评估宿主免疫反应状态，指导精准用药

抗体药物研发加速：快速发现并定位病原体特异性中和抗体克隆，明确空间分布特征，显著加速治疗性抗体药物筛选与开发

肿瘤微生物组研究：在肿瘤FFPE样本中同时检测宿主基因表达和微生物转录组，研究肿瘤相关微生物在肿瘤发生发展中的作用

临床回顾性研究：将全球医院病理科积压的海量FFPE样本库转化为研究数据源，保存多年的感染性疾病、肿瘤样本均可高效分析

结 语 

FFPE样本不是“退而求其次”的选择，而是临床研究中规模最大、信息最丰富的战略资源。

Stereo-seq FFPE通过随机引物策略，首次实现了宿主与微生物RNA的空间共检测，让超过90%的临床样本真正“活”了起来。

从结核感染的动物模型到人类患者组织，从病原体的空间扩散到免疫细胞的原位进化，Stereo-seq FFPE正在重新定义我们对“感染”的理解方式。

你的FFPE样本库里，藏着多少未被读取的故事？

供稿  | 单细胞产品部

编辑  | 市场部