pymc3のインストール

キャメロン・デビッドソン著、『Pythonで体験するベイズ推論』の勉強リベンジ。Miniconda環境からPython3.8をつかってpymc3が利用できるようになった


目的
Windows10 Home バージョン21H1で普段はWindows PowerShellからPython3.6.6を使用。pymc3のインストールは環境を正しく構築しないと動かないのでminicondaをインストールして以前のPython環境を維持しながら、新たなconda環境を構築する


1)miniconda3のインストール
MinicondaのWindows installersからPython 3.8 Miniconda3 Windows 64-bitをダウンロードし、インストール


2)pymc3のインストール
GitHubのpymc-devs /pymc3 "PyMC3 Installation on Windows"の指定どうりcondaのPowerShellから"pm3env"と名付けた環境をつくってから、pipでインストール:

(base) PS C:\Users\user>conda create -n pm3env -c conda-forge "python=3.8" libpython mkl-service m2w64-toolchain numba python-graphviz scipy
(base) PS C:\Users\user>pip install pymc3

作ったconda環境に入る:
(base) PS C:\Users\user2> conda activate pm3env
(pm3env) PS C:\Users\user2> pip install pymc3
Collecting pymc3
.
.
Successfully built theano-pymc
Installing collected packages: pytz, python-dateutil, pyparsing, pillow, pandas, kiwisolver, cycler, cftime, xarray, typing-extensions, packaging, netcdf4, matplotlib, filelock, theano-pymc, semver, patsy, fastprogress, dill, cachetools, arviz, pymc3
Successfully installed arviz-0.11.2 cachetools-4.2.2 cftime-1.5.0 cycler-0.10.0 dill-0.3.4 fastprogress-1.0.0 filelock-3.0.12 kiwisolver-1.3.1 matplotlib-3.4.2 netcdf4-1.5.7 packaging-20.9 pandas-1.2.5 patsy-0.5.1 pillow-8.2.0 pymc3-3.11.2 pyparsing-2.4.7 python-dateutil-2.8.1 pytz-2021.1 semver-2.13.0 theano-pymc-1.1.2 typing-extensions-3.10.0.0 xarray-0.18.2

インポートの確認:
(pm3env) C:\Users\user2> python
Python 3.8.10 | packaged by conda-forge | (default, May 11 2021, 06:25:23) [MSC v.1916 64 bit (AMD64)] on win32
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import pymc3
>>> pymc3.__version__
'3.11.2'
バージョン3.11.2が入った


3)Jupiterなどpipでインストール
(pm3env) PS C:\Users\user2> python -m pip install -U ipython → 7.24.1
(pm3env) PS C:\Users\user2> python -m pip install -U jupyter-console → 6.4.0
(pm3env) PS C:\Users\user2> python -m pip install -U notebook  → 6.4.0

しかし、カーネルがすぐ死ぬという問題発生
 ↓
上の3つすべてアンインストールしてcondaでやり直す
 ↓
(pm3env) PS C:\Users\user2>conda install jupyter 
・これでいけた。上記著書、ch1のプログラム走った!
・conda環境から抜けて、普段のPowerShellからいままで使っていたPython3.6.6環境で問題なく以前開発したスクリプトも走ること確認

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