GEO芯片数据下载和探针ID转换（保姆级教程）

本文章主要参考了：
①R 语言的安装（详细教程）
②GEO芯片数据下载和探针ID转换

一、问题描述

探针ID转换

我们需要的基因表达量信息在NCBI的GEO数据库中对应的编号为GSE95394,搜索后结果如下
来到页面底部，这里的series Matrix File(s)是已经处理好所有样本对应各基因的表达量数据

下载并打开后如下图，发现左边并不是基因的名字，而是探针ID号，我们需要将探针ID转换为基因名才能进一步处理

数据是否预处理过

此外还需要注意的是，选择其中某个样本点击进去

结果如下，这表明你下载的表达量是经过了log2（N+1）转化后的，如果没做特殊说明的话，这里的N一般表示基因数量，即counts，那么你下载到的表达量就是log2(counts+1)，这是需要我们注意的

二、Rstudio的安装（建议阅读，避免后续转换时出错）

安装包的下载

注意：由于我们需要使用WGCNA等包，所以对R以及RStudio的版本是有一定要求的（要求>4.1.3）
这里我已经将合适的版本上传至百度网盘，注意：这三个安装文件都需要下载，缺一不可
链接：https://pan.baidu.com/s/1pbgbCVQf69sEk7_tK8SGSw
提取码：4aeh

安装步骤

①可以在D盘中新建一个R文件夹，将这三个文件都放在R文件夹里面，然后安装路径也都在这个R文件夹里面。（为什么安装包要和最终的安装路径放一块？因为不这样的话，RStudio运行时可能检测不到R-4.2.2安装文件夹里面etc文件夹中的Rprofile.site，这个文件的作用我稍后会解释）
②按照R-4.2.2-win、rtools、RStudio顺序依次安装（顺序不能乱），安装时都选择默认选项即可。
③因为有些R中的包依赖于java所以还需要进行java的环境配置：java 环境配置(详细教程)
④运行RStudio：在安装的RStudio>bin文件夹里面，有个rstudio.exe，双击打开即可


⑤镜像源的设置：
使用记事本打开这个文件

将下面这段代码复制并粘贴到最后

## 设置镜像
local({
   
   r <- getOption("repos")
     r["CRAN"] <- "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"
     options(repos=r