这篇博客详细介绍了MRI数据预处理的步骤，包括工作路径设置、被试数据读取、时间点校验、TR值确认、模板选择、数据转换、头动校正、切片时间校正、自动掩模生成等关键环节。还提到了一些高级选项如去除协变量、滤波、平滑处理等，并强调了在不同阶段选择合适参数的重要性。预处理过程中，头动校正、slicetiming校正是重要步骤，而头动模型的选择和scrubbing策略则视具体情况而定。
- working directory：工作路径，选中FunRaw的上一级文件
- participants：读取的被试数据，通过右下角starting directory里FunRaw回车读取
- time points：一共有多少个时间点，数据文件夹里有多少个文件其实就是有多少个时间点。可以填0，那么它不会去检测你的数据；填了假如250，他就会去检测你每个被试是不是都是250个时间点（可通过mricro查看）
- TR：扫完全脑所需要的时间，填0他也会自己从数据里面读取，但是怕有些时候数据里面的不对，尽量把真实的填上（可通过mricro查看）
- template...：这里会有不同的模板，一般不去动他就行
- epi dicom to nifti：选上这个，它会自动的把dicom数据转成nifti数据
- apply mats：一般情况下用不到。要用到的是什么情况呢，就是你之前处理过一遍这个数据，会有一个手动调头的步骤（如图），选这个他就会记录下你的调整到原始数据上去，之后就不需要一个一个调
- remove first__time points：我们磁共振里拿到的数据，通常去掉前面几个时间点，是为了1）磁场达到稳态，信号更加稳定；2）被试达到稳定状态
- slice timing：时间层校正。扫描大脑需要一层一层的进行扫描， 当大脑激发第一层的时候，如果两层隔得很近，第一层激发了之后还没有恢复，在第二次又被激发了对信号造成干扰，为了避免相邻层之间的干扰，我们会使用间隔扫的策略（先扫第一层，再扫第三层，以此类推，然后回过头来他都恢复了，再扫二四等层），这个时候我们就需要进行一个slice timing来校正，仿佛是在同一点扫描</
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