cellranger使用的初步探索:cellranger aggr(实验日记day4)

原创 已于 2023-11-09 14:52:58 修改 · 478 阅读 · 0 ·
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GEO检测
于 2023-11-09 14:46:12 首次发布
文章讲述了在使用CellRangerAggr时遇到CSV文件解析错误，原因是一个空列导致。解决方案是识别并删除空列后重试。讨论了在10XGenomicsCloudAnalysis中可能遇到的类似问题。 

cellranger aggr --id=aggr \--csv=/home/yulab1/XiaoDi/miniconda/libraries.csv \--normalize=mapped

错误显示：[error] Pipestance failed. Error log at:

aggr/SC_RNA_AGGREGATOR_CS/PARSE_AGGR_CSV/fork0/chnk0-u62e24c59ca/_errors

Log message:

The column at position 3 of the CSV file "/home/yulab1/XiaoDi/miniconda/libraries.csv" is empty, which is not allowed.

解决方案：多了一个空白列，可以cat一下，发现有空白列，删除空白列运行以上代码即可成功

参考链接：

cellranger使用的初步探索（3）cellranger aggr - 简书 (jianshu.com)

Why do I have an error "Sequence and quality not separated by +" while running 10x Genomics Cloud Analysis? – 10X Genomics

标签
#linux #运维 #服务器
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