利用cellranger对（人）单细胞数据进行上游分析(实验室日记day1和day2)

一、Cellranger以及参考基因组的下载（linux）

        截至目前10×Genomics的官网显示Cellranger的最新版为“Cell Ranger (tar.gz compression) - 7.2.0” ，我们首先在Xshell执行下列代码之一下载Linux 64-bit的安装包：

10x官网有教程，可以一步步来，但是我后面下载了miniconda，activate了一个Cellranger环境，方便我后面使用，以上blog不展示此内容，也可以mkdir一个cellapps文件夹下（新手建议）。

安装miniconda：

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

参考链接：

Linux下conda安装及使用 - 简书 (jianshu.com)

Day3-单细胞数据fastq及cellranger - 简书 (jianshu.com)

遇到错误：例如直接在官网复制这段代码下载6.1.2版本，就会显示下载成功，但一直解压不成功等错误

错误显示：

yulab1@nuca:~/XiaoDi/cellapps$ tar -zxvf cellranger-6.1.2.tar.gz

gzip: stdin: not in gzip format

tar: Child returned status 1

tar: Error is not recoverable: exiting now

解决方法：下载命令的某些部分会定期更改，因此复制官网上面的确切命令可能不起作用。确保从Download page界面复制整个命令：

https://www.10xgenomics.com/support/software/cell-ranger/downloads#download-links

遇到错误：明明已经保存了环境，每次打开cellranger总是找不到命令：（环境总是添加不上，师姐也失败，可能是没有权限）

错误显示：command not found

解决方案：

export PATH=/home/yulab1/XiaoDi/apps/cellranger-7.2.0:$PATH

每次登都临时开一个cellranger