💴年末調整書類の保管、まだ紙でいいの？― 電帳法施行後の「現場のリアル」とこれからの対応方針

はじめに：休日出勤で100人分の年末調整を終えた日

こんにちは。税理士事務所事務員バッツです。

本日も休日出勤で、100人以上の年末調整を一気に片づけてきました。
今日の顧問先では、
各従業員がfreeeに住所等の基本情報を入力し、
保険料控除証明書をアップロードし、
入力も自動化されている……はずなのに、
結局は自社で利用させていただいている申告ソフトが別。
1人ずつページを開いては入力し、
郵送で届いた証明書を切り取り、
のりで貼り付け。

――この流れ、もうやめませんか？

電子帳簿保存法（電帳法）も完全施行され、
請求書や領収書は電子保存が当たり前になりました。
それでも、年末調整だけは“紙の山”が残っています。
今回は、2025年（令和7年）時点の制度を踏まえながら、
「なぜ年末調整はまだ紙なのか」
「保管はどう変わるのか」
を整理していきます。

第1章　年末調整書類はなぜまだ紙なのか

まず押さえておきたいのは、年末調整書類の法的位置づけです。

企業が従業員から回収する主な書類は以下の3点です。

• 給与所得者の扶養控除等（異動）申告書

• 保険料控除申告書

• 配偶者控除等申告書

これらは所得税法第194条・源泉徴収関係書類として扱われます。
国税庁の通達によれば、これらの書類は電子的に提出・保管することも可能ですが、義務ではありません。

つまり、

また、これら書類は7年間の保存義務があります（国税通則法第70条）。
税務調査時に備え、原本が残っていることが重要視されるため、依然として紙での保管が主流なのです。

第2章　電帳法の波 ― 電子化できるもの・できないもの

2024年1月、電子帳簿保存法の猶予措置が終了し、
電子取引データ（請求書・領収書など）は電子保存が義務化されました。
ここで誤解が広がっています。

これは誤りです。

電帳法で定められているのは
「電子取引」や「会計帳簿」に関する保存義務。
年末調整関係書類（控除証明書、扶養控除申告書など）は対象外です。

もっとも、電子的に保存すること自体は可能です。
その場合、次のような要件を満たす必要があります：

• タイムスタンプの付与または訂正削除履歴の保存

• 検索性の確保（日付・金額・取引先など）

• 適切な見読性（いつでも閲覧できる状態）

freeeなど主要クラウド会計ソフトは、
これら要件に対応済みですが、
「他社の申告ソフト」との連携が不十分なため、
結局PDF出力や紙保存が残る――というのが現場の実情です。

第3章　電子化が進まない3つの理由

実務担当者なら、誰もがこう思っているはずです。

理由は3つあります。

1️⃣ ソフト間の連携不足
　freeeやマネーフォワードで収集した従業員情報を、
申告ソフトへ完全に自動連携できない。
　結果、二重入力・印刷・のり貼りが発生。

2️⃣ 画像読み取りの精度の限界
　保険料控除証明書のOCR精度は高まっているものの、
100％ではありません。
　誤読や未読を防ぐためには、
人的チェックが不可欠です。

3️⃣ 従業員のITリテラシーの差
　「アップロードしたと思ったら違う年度の証明書」
「家族分が混ざっている」など、ミスの温床も。

この3点がそろう限り、
「完全電子化」は理想論で終わってしまうのです。

第4章　今できる“紙と電子のハイブリッド運用”

現時点で最も現実的なのは、紙と電子のハイブリッド運用です。

• 保険料控除証明書など、原本が発行される書類は紙で保管

• 扶養控除申告書など、自社作成のものはPDFやクラウドで電子保管

• 電子保管する場合は、タイムスタンプや訂正履歴を確保

この運用なら、法令遵守を守りつつ、
将来の完全電子化にもスムーズに移行できます。

freeeやマネーフォワードでも、
「電子帳簿保存法対応プラン」を活用すれば、
電子保存体制を整える第一歩として十分に有効です。

第5章　まとめ：紙を減らす前に、正しく残す

「紙をなくす」のはゴールではなく、
正しく残す仕組みを整えることがゴールです。

電子化を焦って運用が崩れるより、

• まず紙での保存ルールを整備し、

• 次に電子帳簿保存法に対応したシステム運用へ移行する。

この順番こそが、現場の混乱を防ぐ一番の近道です。

おわりに：効率化は「現場の声」から始まる

税制改正や法令対応が進むたびに、
経理現場は“やること”が増えていきます。
でも、どんなに制度が進んでも、
実務を支えるのは現場の知恵と手間です。

電子化の波に飲まれるのではなく、
「紙とデジタルのいいとこ取り」をしながら、
自社に合った運用をつくる。
それが、2025年の年末調整に求められる
“本当の効率化”だと感じています。

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