💴【令和7年・通勤手当改正】マイカー通勤の非課税限度額が引き上げに！年末調整で何をしたらいいか、元高校教師が整理します
こんにちは。
元高校数学教師、今は税理士事務所で事務員をしているバッツです。
年末調整の季節になると、
「保険料控除だけでも大変なのに、今年は通勤手当まで改正って本当…？」
という声が、事務所でもチラホラ聞こえてきます。
令和7年11月、国税庁から
「通勤手当の非課税限度額の引上げについて」
というお知らせが出ました。
しかもこの改正、
マイカー・バイク・自転車通勤の人の非課税限度額がアップ
令和7年11月20日施行だけど、
令和7年4月1日以後に支払われるべき通勤手当にさかのぼって適用だから、今年（令和7年分）の年末調整で精算が必要になることがある
という、ちょっとややこしい内容です。
この記事では、
どこがどう変わったのか
誰に影響があるのか
年末調整で事務員さんは何をすればいいのか
を、「元数学教師」の視点で、式と図解をイメージしながらステップで分解してお伝えしていきます。
第1章：「一言でいうとどんな改正？」を15秒でつかむ
まずは結論から。
マイカー通勤など“交通用具”で通う人に支給する通勤手当の非課税限度額が、距離に応じて引き上げられました。
電車・バス通勤の人の上限「月15万円」はそのままです。
さらにポイントを3つだけ挙げると：
対象はマイカー・バイク・自転車通勤
通勤距離が10km以上の区分で、非課税枠が広がります。電車・バス通勤のルールは変更なし
「合理的な運賃等の額（上限15万円）」は従来どおり据え置きです。令和7年4月1日以後に支払われるべき通勤手当に遡及適用
4〜11月給与を旧ルールのまま計算していると、年末調整で差額精算が必要になります。
第2章：通勤手当の「非課税」の仕組みをざっくりおさらい
まずは土台となるルールを、ざっくり整理しておきます。
2-1. 通勤手当の非課税は大きく4パターン
国税庁の通勤手当の取扱いでは、非課税になるケースはだいたい次の4パターンです。
電車・バス・有料道路などの交通機関を利用
→ 「1か月当たりの合理的な運賃等の額（上限15万円）」まで非課税。自動車・バイク・自転車などの交通用具を使用
→ 片道の通勤距離に応じて、月額の非課税限度額が決まる。定期券・ICカードチャージなどを支給する場合
→ 1か月当たりの合理的な通勤費相当分（上限15万円）まで非課税。交通機関＋マイカー併用
→ 交通機関分＋マイカー分の合計が、「合理的な通勤費（上限15万円）」の範囲内なら非課税。
2-2. 今回の“主役”はこの②だけ
今回の改正で数字が動いたのは、上の②の「マイカー・自転車通勤」部分だけです。
電車・バスのみの人 → 上限15万円のまま（改正なし）
混合通勤（電車＋マイカー）の「電車部分」 → 上限15万円のルールはそのまま
混合通勤の「マイカー部分」 → 距離区分に応じた限度額だけが今回引き上げ
「通勤手当が全部変わる」というよりは、
マイカー等通勤の“距離別テーブルだけがアップデートされた」とイメージしてもらうとラクです。
第3章：どれくらい上がる？距離別「新・非課税限度額」早見表
では、具体的な数字を見てみます。
国税庁のタックスアンサー「No.2585 マイカー・自転車通勤者の通勤手当」が、改正後の表をすでに反映しています。
3-1. 改正前後の比較表（マイカー・自転車通勤）
3-2. 事務員さん目線で「ここだけ押さえる」
2km未満 → 元々全額課税、変更なし
2〜10km → 4,200円で変更なし
10km以上の区分はすべて非課税枠が拡大
特に遠距離（55km以上）は、31,600円→38,700円と増加幅が大きい
つまり、
「片道10km以上でマイカー通勤している人が、今回の改正の直接の対象」
と覚えておくと、対象者の洗い出しがグッと楽になります。
第4章：いつから新ルール？「4月にさかのぼる」が重要ポイント
4-1. 施行日と適用対象
改正政令の公布：令和7年11月19日
施行日：令和7年11月20日
でも、改正後の限度額が適用されるのは
→「令和7年4月1日以後に支払われるべき通勤手当」からです。
ここで出てくるキーワードが、
「支払われるべき通勤手当」
です。
4-2. 「支払われるべき通勤手当」とは？
国税庁のQ&Aでは、次のように説明されています。
就業規則や給与規程で支給日が決まっている場合
→ その規程上の支給日ベースで「4月1日以後かどうか」を判断支給日が決まっていない場合
→ 実際に支給した日で判断
4-3. 新限度額が適用されないパターン
国税庁リーフレットでは、次のような通勤手当は旧限度額のままとされています。
令和7年3月31日以前に支払われた通勤手当
令和7年3月31日以前に支払われるべき通勤手当で、同年4月1日以後に支払われたもの
上記(1)(2)に係る通勤手当の差額として追加支給されるもの
第5章：年末調整で何をする？5ステップで整理
ここからが、事務員さんにとって一番大事なところです。
「今年の年末調整で、どこを見直して、どう直せばいいか」
を、5つのステップに分けてみます。
ステップ①：対象者をリストアップ
対象になるのは、
「片道10km以上をマイカー・バイク・自転車で通勤している人」です。通勤届・通勤経路申告書・就業規則の書類から、
通勤手段
片道距離
を確認し、対象者だけピックアップします。
（電車・バスのみの人は、今回の改正による影響はありません「15万円上限据え置き」です。）
ステップ②：4月以降の支給額と距離区分を確認
対象者ごとに、
令和7年4月支給分以降の通勤手当の月額
片道距離（10〜15km、15〜25km…のどこか）
を整理し、
「支給額」と「改正後の非課税限度額」の大小を比べます。
支給額 ≤ 改正後限度額
→ 原則、全額非課税にできる支給額 ＞ 改正後限度額
→ 限度額超過分は課税（ここは従来どおり）
ステップ③：これまでの処理との差を月ごとに計算
多くの会社では、4〜11月分を旧限度額のまま給与ソフトで処理しているはずです。
そこで、各月について：
本来の非課税額（新限度額） − 実際に非課税扱いした額（旧限度額ベース）
を計算します。
プラスになれば → その分だけ課税しすぎていた可能性
ゼロ・マイナスなら → 影響なし、またはむしろ課税不足（※レアケース）
この「月ごとの差額」を4〜11月分で足し合わせると、
「その人について、年間でどれだけ所得税を取りすぎていたか」が見えてきます。
ステップ④：年末調整で源泉所得税を精算
差額が出た人については、年末調整で次のように処理します。
本来非課税にできる通勤手当を、
「給与総額から除外」＆「源泉徴収税額を再計算」その結果、源泉所得税が取りすぎだった分は還付
源泉徴収簿にも修正後の金額を記載（国税庁は記載例PDFも公表）
ステップ⑤：給与ソフト・社内規程のアップデート
最後に、
給与ソフト・クラウド給与サービスの
「通勤手当非課税限度額マスター」を新テーブルに更新社内の「通勤手当支給規程」が、
実際の片道距離
新しい非課税枠
と整合しているかチェック
をしておくと、令和8年以降は通常運転で回せるようになります。
第6章：数値例でイメージをつかむ（片道20kmのAさん）
ここで、ざっくりしたケースを1つ。
Aさん：片道20kmをマイカー通勤
会社の通勤手当：月13,000円
4〜11月まで同じ金額を支給
6-1. 改正前・改正後の限度額
片道15〜25kmのマイカー通勤
改正前限度額：12,900円
改正後限度額：13,500円
6-2. 従来の処理（旧限度額ベース）
会社は4〜11月まで、
「12,900円を非課税、100円を課税」として源泉徴収しているイメージです。8か月分で見ると：
課税されていた通勤手当合計：100円 × 8か月 ＝ 800円
6-3. 本来どうなるべきだったか（新限度額ベース）
改正後の非課税限度額は13,500円
Aさんの支給額13,000円は、そもそも全額非課税でよかったことになります。
→ つまり、4〜11月の合計800円については、
本来は課税しなくてよかったことになり、
その分の所得税を年末調整で還付する、という流れです。
※実際の還付額は、その人の所得税率や扶養状況などで変わりますが、
「通勤手当の一部を給与扱いにして課税していた分が戻ってくる」というイメージでOKです。
第7章：現場から出そうなQ&A
Q1：電車通勤の社員も、今回の改正の対象になりますか？
A：いいえ、基本的にはなりません。
電車・バス・有料道路などの交通機関利用者については、
「合理的な運賃等（上限15万円）」というルール・金額とも改正前と同じです。
Q2：全員の通勤手当を4月から全部計算し直さないとダメですか？
A：対象者だけでOKです。
具体的には、
マイカー・バイク・自転車通勤で
片道10km以上で
令和7年4月以後も通勤手当が支給されている人
に絞って再計算すれば足ります。
Q3：通勤手当の支給額自体を増やさないとダメですか？
A：いいえ、「法律上の義務」ではありません。
今回変わったのはあくまで「税金上の非課税として認める上限額」です。
実際に支給額や社内規程をどうするかは、会社の判断になります。
Q4：年末調整で対応し忘れたらどうなりますか？
A：原則は年末調整で対応しますが、もし漏れがあった場合、
社員本人の確定申告で是正することも可能です。
第8章：まとめとチェックリスト（3つだけでOK）
最後に、事務員さん目線の「やることリスト」を3つに絞ります。
✅ チェック1：対象者を特定したか？
マイカー・バイク・自転車通勤
片道10km以上
令和7年4月以後も支給がある
この3条件に当てはまる人のリストアップ。
✅ チェック2：4〜11月分の通勤手当を新限度額で再計算したか？
各月の非課税枠と実際の処理を比較
「本来非課税にできたのに課税していた」部分がないか確認
✅ チェック3：年末調整と給与ソフトの設定を直したか？
源泉徴収簿・年末調整計算に反映
給与ソフトの「通勤手当非課税限度額テーブル」を新ルールに更新
おわりに：一人で抱え込まないで大丈夫です
年末調整の時期は、とにかく「時間との勝負」になりがちです。
そんな中で、急に「通勤手当の非課税限度額が変わりました」と言われると、
思わず「もう勘弁して…」と言いたくなる気持ち、すごくよく分かります。
でも、数学と同じで、
「誰が対象か」「どこを直すか」を分解してしまえば、作業そのものは足し算と引き算の世界です。
もし迷ったときは、
一人で抱え込まず、顧問税理士さんや社労士さん、給与ソフトのサポートも遠慮なく頼ってくださいね。
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