最新Picrust2功能预测详细流程

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VIP免费原创最新推荐文章于 2026-07-30 13:09:57 发布 5.2k 阅读 AI 写同款· GEO 优化 ›

PICRUSt2在微生物功能预测分析中的应用解读微生物组学研究现已超越微生物群落组成分析得到更广泛的使用。大量的人类微生物组研究证据表明，肠道微生物组的功能变化对炎症和免疫反应的影响起到关键的影响作用。 16S rRNA分析是微生物组研究作为最常用便捷且具有成本效益的测量技术，用于分析微生物组的菌落组成，但标记基因测序无法直接提供群落功能组成的信息。于是开发了生物信息学工具，利用16S rRNA基因数据来预测微生物组功能。其中，PICRUSt2已成为最流行的功能概况预测工具之一，可生成整个群落通路丰度。“功能”通常指的是基因家族，如KEGG同源基因阅读详情

#Picrust2功能预测流程
#zj@zlab.ac.cn
#2020年8月
#完整输出COG,EC,KO,PFAM,TIGRFAM结果

picrust2_pipeline.py -s OTUs.fasta  -i Otu_table_even.biom -o \
picrust2_out_pipeline -p 12 -r default_files/prokaryotic/pro_ref/pro_ref \
--in_traits COG,EC,KO,PFAM,TIGRFAM

#用默认输出EC,KO

picrust2_pipeline.py -s OTUs.fasta \
    -i otu_table_even2.biom \
    -o picrust2_out_pipeline \
    -p 12

#对输出结果添加必要描述
#EC

add_descriptions.py -i EC_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat.tsv \
-m EC  -o EC_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat_descrip.tsv

#KO

add_descriptions.py -i KO_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat.tsv \
-m KO  -o KO_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat_descrip.tsv

#COG

add_descriptions.

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PICRUSt2功能预测分析 16S高通量测序的群落数据分析中,更深层次的数据挖掘是很重要的一环,但是微生物群落标记基因测序的一个局限性就在于它无法提供有关采样群落功能组成的信息。所以我们引入了功能预测分析.“功能”通常指的是基因家族，如KEGG同源基因和酶分类号，但可以预测任何一个任意的特性。同样，预测通常基于16S rRNA基因测序数据，但也可以使用其他标记基因。正常来说,进行功能分析有多个研究方法可选:PICRUSt2 (Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruc 阅读详情

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