2025.06.25【微生物】|Emu工具安装与使用详解：全长16S扩增子微生物丰度分析

一、Emu简介

Emu采用贝叶斯方法，针对高错误率的全长16S/18S扩增子数据优化，能够输出物种丰度表和详细分类注释，适用于微生物多样性和群落结构研究。

二、安装Emu

1. 环境准备

建议使用conda创建独立环境，避免依赖冲突：

conda create -n emu_env python=3.8
conda activate emu_env

2. 安装Emu

直接通过pip安装最新版Emu：

pip install emu

如需复现官方环境，可下载environment.yml文件并用conda安装：

conda env create -f environment.yml
conda activate emu

三、数据库准备

Emu支持多种数据库，包括官方预构建的SILVA、RDP、UNITE等。推荐使用SILVA全长16S数据库。

1. 下载预构建数据库

以SILVA为例，先安装osfclient：

pip install osfclient

下载并解压数据库：

export EMU_DATABASE_DIR=/your/path/to/emu_db
mkdir -p