蛋白质本体与高通量数据信息质量管理
蛋白质本体相关内容
蛋白质数据的处理和分析一直是生物研究中的重要部分。在这方面,蛋白质本体(Protein Ontology,PO)发挥着关键作用。
- 数据保存与格式转换
- 从PDB到XML Schema的数据保存和转换较为简单,但它不能用于内容处理。而具有OWL能力的PO在处理内容方面没有限制。 - 蛋白质本体实例存储(Protein Ontology Instance Store)
- 目的 :用于以PO格式录入现有的蛋白质数据。PO提供了一个技术和科学基础设施,允许基于证据描述和分析蛋白质之间的关系。
- 数据源 :包括新的蛋白质组信息资源,如PDB、SCOP和RESID,以及经典的信息源,如OMIM等科学文本文件知识库和各种期刊上发表的科学文献。
- 表示方式 :PO实例存储使用OWL表示。目前,它包含以下蛋白质家族的数据实例:- Prion Proteins
- B.Subtilis
- Chlorides
- 数据获取 :所有PO实例都可以在http://proteinontology.info/proteins.htm以OWL格式下载,并且可以使用任何流行的编辑器(如Protégé,http://protege.stanford.edu/)读取。
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