GEOS-Chem笔记——模式下载安装+驱动数据+运行流程

本文详细介绍了大气化学传输模式GEOS-Chem的入门步骤,包括模式代码下载、气象场和排放数据获取、运行流程及输出数据处理。通过实例演示了如何从GitHub下载源代码、设置运行目录、编译模式、修改配置文件以及提交作业。此外,还提到了数据后处理的方法,如bpch文件切分和netCDF输出文件的处理。

看过我博客的会发现我写了很多CESM的笔记,但是说实话,平时科研我其实更多时候是GEOS-Chem user。之所以写了很多CESM笔记,其实是因为不会,学的时候刚好也开始写CSDN博客,就边学边写。然后GEOS-Chem已经用比较熟了,所以也没想过做笔记啥的。但是我发现越来越多朋友私信我各种CESM问题,我觉得我可能给大家营造了一种我是CESM达人的错觉。感觉自己有点跑偏了呢。公平起见,我觉得我有必要补充点GEOS-Chem笔记。

GEOS-Chem是研究大气化学的人常用的大气化学传输模式,在全世界范围的大气化学研究组中被广泛使用。不过我没有比较过是GEOS-Chem user多还是CESM user多,感觉自己没什么概念,我猜可能还是CESM user多一些,毕竟地球系统模式应用的研究领域比大气化学模式应用领域要广很多,自然研究群体会大一些吧。闲话不多说,下面进入正题啦。


GEOS-Chem模式简介(narrative descripition):https://geos-chem.seas.harvard.edu/narrative​​​​​​ 

这个网页非常详细地介绍了GEOS-Chem的概况,包括版本、排放、模式各个组分。有助于初学者对GEOS-Chem有一个初步的大纲理解。

实操入门可以参考GEOS-Chem Wiki 上有一个quick start guide: http://wiki.seas.harvard.edu/geos-chem/index.php/Getting_Started_with_GEOS-Chem

但是Wiki上内容太多,我记得我刚开始学的时候我问师姐学模式怎么入门?师姐就说,你去看GEOS-Chem user guide呀。然后我打开这个GEOS-Chem网站我就懵了,因为太多太多信息,我根本不知道从哪儿开始看。现在回头来看,如果有学弟学妹问我,GEOS-Chem怎么学?我可能也会下意识说,你去看GEOS-Chem user guide和wiki呀,上面不是啥都有嘛。

但是回过头来想,正是因为网站太具体,反而给初学者造成了困扰。所以今天就总结最核心的操作流程。

本文还是以GEOS-Chem 12.3.2版为例,虽然现在GEOS-Chem更新到13版了,但我目前用的还是这个版本,写起来比较顺手。


step1: GEOS-Chem 模式代码(source code)下载

包括模式源代码CodeX.Y.Z(对应版本号)+Unit Tester(UT)

一般有两种下载方式

(1)通过github命令下载

wiki指路:GEOS-Chem 12 - Geos-chem

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