36、真核生物RNA PolII启动子预测相关研究

真核生物RNA PolII启动子预测相关研究

1. 真核生物转录调控

在真核生物中，RNA聚合酶II（RNA PolII）对蛋白质编码基因转录的调控，涉及大量被称为转录因子（TFs）的蛋白质复合物之间，以及它们与启动子区域DNA结合位点的相互作用。转录起始点的上游区域，甚至下游区域，都会影响基因的调控和表达程度。紧邻起始点上游的核心启动子，具有DNA结合位点，由RNA PolII和TFIIA、B、D、E、F及H组成的预起始复合物会与之结合。

结合位点的位置是参照转录起始位点（TSS）来确定的。约75%的脊椎动物RNA PolII启动子中存在TATA框，基于脊椎动物启动子序列训练的TATA框隐马尔可夫模型（HMM），其共有序列为TATAWDR（W = A/T，D不为C，R为G或A），大约从TSS上游17个碱基对处开始。TFIID的一个组成部分，即TATA结合蛋白（TBP），能够识别并结合该序列。INR是TSS周围定义较为宽松的序列，也会影响转录起始位置，可能会被TFIID的其他蛋白质亚基识别。

除了TATA框和INR，还有其他保守序列。约一半的脊椎动物启动子中，TATA框上游存在CCAAT框，它被认为是额外蛋白质的结合位点，会影响转录的预起始和后续阶段。另一个保守的调控位点是GC框，这些框与TSS的距离可变，且在两种方向上都能发挥作用，并且已经构建了描述它们的权重矩阵。

核心启动子的上游区域以及基因附近的其他增强子位点，也会影响基因表达。多种转录因子，其中一些会受到激素水平等环境因素的影响，会结合到这些区域的DNA结合位点上。这些因子还能形成大型多蛋白复合物，与预起始复合物相互作用，从而诱导或抑制转录。这些相互作用可能会通过组蛋白乙酰化或去乙酰化使局部核小体结构