Seurat3.0小提琴图腰围的参数

单细胞测序流程(三)质控和数据过滤——Seurat包分析,小提琴图和基因离差散点图 质控和数据过滤 准备工具:R。 准备数据:上期经过整理的数据geneMatrix。 注意事项:R的安装目录和文件所在位置都不可有英文。 R 语言所需安装的包: #if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) # install.packages("BiocManager") #BiocManager::install("singscore") #BiocManager::install("GSVA") #BiocManager::insta 阅读详情

小提琴图没有有些群没有出现小提琴只有点点,是由于0值比例太多,

一个关键的参数scale = "width"导致了这种局面,应加上上述参数

ggplot(p$data,aes(ident,CD4)) + geom_violin(scale = "width", adjust =1, trim = TRUE)  + geom_jitter()+ theme_bw()

adjust参数可以调整腰的粗细,eg:

ggplot(p$data,aes(ident,CD4
生信入门(六)——单细胞分析(Seurat) 生信入门(六)——单细胞分析(Seurat) 文章目录生信入门(六)——单细胞分析(Seurat)一、数据导入1、数据来源2、数据导入二、标准预处理1、QC和选择细胞进行进一步分析2、规范化数据3、识别高度可变的特征(特征选择)4、缩放数据三、主成分分析(PCA)1、线性降维2、确定数据集的“维度”四、聚类细胞五、非线性降维(UMAP/tSNE)六、寻找差异表达的特征(簇生物标志物) 一、数据导入 1、数据来源 点击此处下载数据 数据说明:分析10X Genomics提供的外周血单细胞(PBMC)数据集,有 阅读详情

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