单细胞转录组（scRNA-seq）与空间转录组（ST）的区别

单细胞转录组测序（Single-cell RNA sequencing, scRNA-seq）和空间转录组测序（Spatial Transcriptomics, ST）都是解析基因表达的重要技术，但它们在技术原理、分辨率、数据特性、应用场景等方面存在明显区别。

下面从多个维度详细对比这两种技术。

1. 技术原理

🔹 单细胞转录组（scRNA-seq）

• 核心原理

  ：将细胞分离成单个细胞，通过高通量测序技术检测每个细胞的mRNA表达情况。

• 关键步骤

  ：

  1. 组织解离

     ：使用酶或机械方法分离单个细胞。

  2. 细胞捕获

     ：利用微流控芯片（如 10x Genomics）、微滴（Drop-seq）、微孔（SMART-seq）等技术对单个细胞进行分离。

  3. mRNA 提取与扩增

     ：使用逆转录和PCR技术扩增RNA。

  4. 文库构建 & 高通量测序

     ：将cDNA文库进行Illumina测序。

  5. 数据分析

     ：利用降维（PCA/t-SNE/UMAP）、聚类、细胞类型注释等方法解析细胞异质性。

🔹 空间转录组（ST）

• 核心原理

  ：在组织切片上原位捕获 mRNA，并保留空间信息，通过测序或荧光成像解析基因表达模式。

• 关键步骤

  ：

  • 条形码探针法（Visium, Slide-seq）

    ：玻片上布满条形码探针，mRNA 与其结合，并进行测序。

  • 原位测序法（MERFISH, seqFISH）

    ：荧光标记RNA分子，通过显微成像获取表达数据。

  1. 组织切片

     ：组织样本固定后切片，铺在玻片或特殊基质上。

  2. mRNA 捕获